為了有效抗制環境犯罪，作為根本的實體法之改革只是個開端，仍須完善實務運作的組織層面。

1. 公害糾紛侵權行為之反轉，舉證困難，例如：污染物質，污染事實等，民法基本上無法解決。
2. 行政管制到行政處罰規範之一致性：日月光案的汙染行為。
3. 不法利得：污染行為層出不窮，法務部未提出草案，必須要有法條依據才能夠真正落實。